Descoperirea unui leac capabil sa “vindece” mutatiile genetice risca sa schimbe cursul istoriei si ameninta insusi viitorul omenirii.
Pentru prima data, mutantii au de ales intre a-si pastra puterile supranaturale, care ii izoleaza si ii alieneaza de restul omenirii si a renunta la ele pentru a se reincadra in societate.
Opiniile divergente ale celor doi leaderi – Prof. Charles Xavier, adept al pacii si tolerantei si Magneto, care crede in supravietuirea celui mai puternic – declanseaza batalia finala intre mutanti si omenire.
In acelasi timp, echipa X-Men, condusa de Profesorul Charles Xavier (Patrick Stewart), trebuie sa se lupte cu insasi evolutia sub forma fostei membre a echipei lor.